"Каким предполагается устройство и функционирование института?"
Если вы хотите в гоблины, то я не понимаю вашего интереса к университету %)))))

Устройство "пирамидальное": низший уровень - студенты, выше - аспиранты (они могут руководить студентами), ещё выше - учёные разных степеней, они руководят проектами студентов и аспирантов (кандидат наук, доктор наук, степени присваивает сам университет; возможно быть учёным, получившим степень в другом вузе галактики). Все эти уровни различаются только степенью информированности и доступом к материалам. Научная инициатива приветствуется. Если хочется, как в реальной жизни, побыть "мелкой сошкой" и не выдвигать никаких собственных идей, это тоже возможно. Однако, кардинальным отличием от современной ситуации в науке, является ПРИОРИТЕТ НА СОБСТВЕННЫЕ ИЗЫСКАНИЯ - в университет приходят, чтобы разобраться в интересующей проблеме, а не отсидеть 5-8 лет впустую. Это не столько учебное заведение, сколько исследовательский центр.
Органом управления является администрация университета и попечительский совет университета. Правление возглавляет ректор - Эндрю Арнольд. Поп. совет - орган не столько университетского самоуправления, сколько источник финансирования. Если ваши исследования требуют финансовых вложений, заявку на исследования рассматривают оба органа. Если не требуют - то это дело факультета.
Анонсировать свои исследования нужно в альманахе университета на этом сайте. (Если вам есть, что анонсировать.) Примеры оформления статей есть в альманахе.

"Имеют ли право на жизнь аналогии с НИИЧАВО? В чем сходства и в чем разница?"
Сходство в том, что здесь тоже "понедельник начинается в субботу" %) Это своеобразная сообщность энтузиастов своего дела, которым интереснее работать, чем отдыхать. Впрочем, всякое бывает... (Не будем показывать пальцем, хотя это был Лонгфелло ;)))) Кроме того, в НИИЧАВО интересовались сверхъестественными явлениями во всём их многообразии. Однако, наш университет стоит на той позиции, что человеку магия не доступна.
ЭТО - отличие от НИИЧАВО. (О другом отличии уже сказала Ольга).

Существует ли такое понятие на игре как "завязка сюжета"?
Понятие, безусловно существует. Многие игры строятся на этом понятии. Что же касается "ЗГ", то мы планируем некоторые мероприятия общего плана, но основной акцент сделан на микросюжеты - по университету в том числе. Мы надеемся, что участники игры будут способны на собственную игровую инициативу, а не только развивать данные мастерами темы.

"Если она неизвестна на начало игры, то, полагаю, проявится в процессе?" Во-первых, не "она", а "они". Во-вторых, это зависит от активности игроков. Хватит уже мастерам всех за ручку водить.

Какие рекомендуемые сроки для подачи заявки?
Если вы заявляете экспедицию во времени - то до 5 августа. Если другое - то можно и после 5 августа, хотя это нежелательно.
Всем интересующимся рекомендую заглянуть в раздел "Университет" - там появились новые материалы.