"Сделай из него дым!" (Ответ Ходжи Насреддина старику- хранителю могилы Турахона на вопрос "что же мне делать со старым халатом".)
Что делать с сюжетом, зависит от того, чего вы хотите от игры, для чего вы её делаете. Если "чтобы игрокам скучно не было", то структура сюжета может быть любой. Хоть заставьте всех игроков пройти через одни и те же испытания. По очереди. Или не делайте игру вообще - тогда игрокам не будет скучно где-нибудь в другом месте. %]
Если же вы вкладываете в игру некую идею, смысл, то структура сюжета должна строиться на этой идее. Чтобы понять можно было в процессе, "о чём играем".
Рекомендую прочесть статью Ю. Зубаревой о сюжете ролевой игры.